Molenbeek, Brussel. Voor sommigen een broeinest van jihadi, maar voor de 6-jarige vrienden Aatos en Amine is het hun thuis. Dit is waar ze luisteren naar het geluid van spinnen, ontdekken wat een zwart gat is en kibbelen over wie er vooraan mag zitten op het vliegend tapijt dat hen naar het land van hun voorouders zal brengen. Ze wonen in hetzelfde gebouw maar hebben een totaal andere thuissituatie. Finland maakt kennis met Marokko, atheïsme schurkt zachtjes aan tegen de islam. De goden van Aatos en Amine zijn met velen, sommigen zijn echt, anderen zijn uitgevonden. Ze vormen de aanleiding voor speelse discussies, tot een terroristische aanval in Brussel en Zaventem hun harmonieuze wereld verstoort. Gewapende soldaten patrouilleren nu de straten, kaarsen worden aangestoken ter nagedachtenis en zelfs in de verhaaltjes voor het slapengaan vallen er slachtoffers. De twee jongens zoeken naar de betekenis van dit alles. Ze fantaseren dat ze de laatste overlevenden zijn, de sterkste van allemaal. Tot een onverwachte gebeurtenis hun leven voorgoed zal veranderen. Goden van Molenbeek is een film over vriendschap, geloof en identiteit. En bovenal, een film over wat ons bindt